Das Management des Nationalparks De Maasduinen zielt darauf ab, die natürlichen Werte des Gebietes nachhaltig zu sichern und weiterzuentwickeln. Außerdem soll die Umweltverschmutzung durch "quellenorientierte" Managementmaßnahmen an der Quelle bekämpft werden. Wirkungsorientierte Maßnahmen zielen darauf ab, den Auswirkungen der externen Verschmutzung entgegenzuwirken.
Heidelandschaften benötigen eine besondere Bewirtschaftung. Pflügen, Mähen, Brennen und Beweidung sind die Möglichkeiten dafür. Diese Formen der Bewirtschaftung zielen darauf ab, den Boden nährstoffarm zu machen und zu halten. Sind zu viele Nährstoffe in der Luft und im Boden, wird das Heidekraut von anderen Pflanzen, wie Pfeilkraut und Brombeeren, verdrängt. Das Pflügen ist eine wichtige "wirkungsorientierte" Maßnahme. Durch das Pflügen wird der obersten Bodenschicht ein Großteil der Nährstoffe auf einmal entzogen. Die Ergebnisse des Pflügens sind sehr ermutigend. Das Pflügen hat eine gute Ausgangssituation geschaffen. Danach muss die Heide aber nährstoffarm gehalten werden. Dies geschieht durch die Beweidung mit Schafen, Rindern und Ziegen. Die heutigen Bewirtschaftungsmethoden sind im Grunde dieselben, die die Landwirte in der Vergangenheit angewandt haben. So waren Schafe bis zum Beginn dieses Jahrhunderts ein unverzichtbarer Bestandteil der Landwirtschaft. Mit dem Dung der Schafe, die tagsüber auf der Heide umherstreiften und die Heide beim Weiden in gutem Zustand hielten, wurden die Felder nach dem System der Topfhaltung fruchtbar gemacht.
In den Wäldern des Nationalparks liegt der Schwerpunkt auf der natürlichen Entwicklung. Das Vorhandensein von Totholz und die natürliche Verjüngung erhöhen die natürlichen Werte. Die Holzernte wird so durchgeführt, dass die Lebensgemeinschaft nicht drastisch beeinträchtigt wird. Der natürliche (Laub-)Wald ist vielfältiger und farbenfroher als ein Nadelwald und lässt mehr Pflanzenwachstum am Boden zu. Er bietet einen guten Lebensraum für mehr gebietsspezifische Tierarten wie Singvögel, Insekten, Schmetterlinge und kleine Säugetiere.
Die zahlreichen Moore in diesem Gebiet werden durch Regen- und Sickerwasser aus der Umgebung gespeist. Das Wasser ist nährstoffarm, was einer der Gründe dafür ist, dass sich oft Hochmoore entwickeln können. Auf dem bereits entstandenen Hochmoor wachsen Moosbeeren und Lavendelheide. Durch die Urbarmachung sind viele Moore trockengelegt worden. Außerdem sind die Moore manchmal durch die Entwicklung der Wälder und die Entwässerung der umliegenden Gebiete (landwirtschaftliche Flächen) ausgetrocknet. Die Region Maasduinen arbeitet intensiv an der Wiederherstellung der Niedermoore. Niedermoore, die als landwirtschaftliche Flächen zurückgewonnen wurden, werden wieder feucht und nährstoffarm gemacht; die Entwässerung des Gebiets und seiner Umgebung wird so weit wie möglich eingeschränkt. Zu den wichtigsten Renaturierungsprojekten gehören der Driessenven (Bergerheide) und der Heerenven (Landgoed de Hamert).
